A Constituição Federal de 1988 fortaleceu significativamente o Ministério Público, o colocando como função essencial à Justiça, devendo ter por objetivo a defesa dos direitos sociais e individuais indisponíveis, a defesa da ordem jurídica, e a defesa do regime democrático.
O Ministério Público é composto pelos Ministérios Públicos estaduais, e pelo Ministério Público da União (MPU), este que possui quatro ramos: o Ministério Público Federal (MPF), o Ministério Público do Trabalho (MPT), o Ministério Público Militar (MPM), e o Ministério Público do Distrito Federal e Territórios (MPDFT).
Nossa Constituição Federal estabelece que o Ministério Público não faz parte de nenhum dos três poderes (Executivo, Legislativo e Judiciário) e tem independência funcional. O MPU atua em casos federais, regulamentados pela Constituição e pelas leis federais, sempre que a questão envolver interesse público. Além disso, o Ministério Público tem autonomia na estrutura do Estado: não pode ser extinto ou ter atribuições repassadas a outra instituição. Os membros (procuradores e promotores) possuem as chamadas autonomia institucional e independência funcional, ou seja, têm liberdade para atuar segundo suas convicções, com base na lei.
A norma constitucional determina que o MPU será chefiado(a) pelo(a) procurador(a)-geral da República, nomeado pelo presidente da República, com autorização da maioria absoluta do Senado Federal; ao contrário do que ocorre no Ministério Público estadual, que por previsão legal, escolhe o seu chefe (Procurador-Geral), através de lista tríplice dentre integrantes da carreira, isto é, o chefe do Poder Executivo nomeia um dos três nomes da lista.
Pensando na autonomia do Ministério Público da União, principalmente, na autonomia do Procurador Geral da República (PGR), que na época do governo do ex-presidente Fernando Henrique Cardoso foi apelidado de “engavetador geral da República”, os Procuradores da República criaram a Associação Nacional dos Procuradores da República e propuseram que o PGR fosse escolhido dentre os nomes que figurassem na lista tríplice. 
Entretanto, FHC ignorou a lista tríplice e escolheu Geraldo Brindeiro, seus membros avaliavam que o trabalho dele estava mais direcionado à preservação de interesses do governo do que à defesa da instituição. Lula foi o primeiro presidente a nomear como Procurador Geral da República o que figurou em primeiro lugar na lista tríplice, foi assim com Antônio Fernando de Souza e Roberto Gurgel. Dilma manteve a posição de seu antecessor, nomeou Rodrigo Janot, que foi o mais votado na lista dos procuradores.
Quebrando a tradição, Temer nomeia Raquel Dodge, que tinha ficado em segundo lugar na eleição, mas ainda estava entre os três da lista tríplice. Bolsonaro, por sua vez, desprezou a lista tríplice e escolheu Augusto Aras.
Ocorre que ao término da gestão de Augusto Aras, a ANPR, na data de 22/06, fez nova eleição que contou com a participação expressiva de seus membros, onde Luiza Frischeisen ganhou com 647 votos, seguida dos subprocuradores Mario Bonsaglia (636 votos) e Nicolao Dino (587). A lista será entregue ao Presidente Bolsonaro, que poderá respeitar a lista ou despreza-la novamente.
O procurador-geral concentra grande poder de investigação de autoridades acusadas de praticar crimes. Depende de iniciativa dele a abertura de inquérito criminal e ação penal contra presidente da República, senadores, deputados e ministros de Estado. Assim, é importante ponderarmos até que ponto a quebra da autonomia do Ministério Público é bom para o combate a corrupção?